Pengorganisasian masyarakat adalah proses menyeluruh untuk memecahkan permasalahan tertentu di tengah masyarakat atau suatu cara pendekatan bersengaja dalam melaksanakan kegiatan-kegiatan tertentu dalam rangka memecahkan berbagai masalah masyarakat tersebut. 

Pada tahun dua ribu, pengorganisasian Rifka Annisa diawali dengan pembentukan Pusat Krisis Berbasis Komunitas. Pusat krisis berbasis komunitas adalah suatu sistem pemantauan terhadap kekerasan berbasis gender dan pelayanan terhadap korban kekerasan dengan berdasarkan pada tatanan, struktur, dan mekanisme masyarakat lokal yang berkeadilan gender. 

Pembentukan kelompok ini diharapkan dapat memenuhi kebutuhan ideologis dan praktis sekaligus dalam usaha penanganan kekerasan terhadap perempuan. Secara ideologis Rifka meyakini bahwasanya kekerasan terhadap perempuan adalah tanggung jawab bersama masyarakat dan pemerintah. 

Selanjutnya Rifka Annisa mendorong perempuan dan masyarakat (termasuk laki-laki) untuk membangun organisasi atau menguatkan organisasi dengan berbagai program yang bisa menjawab permasalahan masyarakat terkait ketidakadilan gender. Memberikan pendidikan kritis dan belajar bersama terkait akar persoalan ketidakadilan gender sehingga terbangun nilai dan norma kesetaraan dan keadilan gender di masyarakat untuk mendukung upaya-upaya penghapusan kekerasan terhadap perempuan serta membangkitkan kesadaran masyarakat untuk bergerak bersama.